Para fazer a alteração das taxas das formas de pagamentos basta entrar no recurso Gestão de Formas de Pagamento que fica dentro do grupo Gestão Financeira 

Pesquisar a forma de pagamento que será alterado 

Dentro da forma de pagamento que será alterada tem um campo chamado Taxa Adm. (%): a onde pode definir a nova Taxa e depois clique em salvar 

caso exista mais formas de pagamentos para ser alteradas, basta repetir o processo em cada uma delas.