Para fazer a transferência de itens de uma filial a outra deve-se usar o recurso Transferência que se encontra no grupo Controle de Estoque

Dentro do recurso Transferências deve informar a Loja Origem(Filial que sairá os itens), Loja Destino(Filial que recebera os itens), Saída(Data que os itens sairão da Filial), Chegada(Data que os  itens chegarão na loja) e Documento(Evidenciar a NF-e sobre essa transferência).

Primeiro deve informar a Loja Origem e Loja Destino

Após isso consulta os itens que serão transferidos

Após escolher os itens pode também alterar as quantidades dos itens

Depois de definir a quantidade dos itens informe a data de Saída dos itens da loja 

Após registrar a data de Saída e salvar pode gerar um NF-e caso precise

E informar o CFOP 5152 – transferência de mercadoria

e por final tem que registrar a data Chegada assim que chegar o item ou informar a data prevista de sua chegada e clicar em Salvar